Tra vendita-sì e vendita-no, e comunque nell'indeterminatezza di quale sarà la sua destinazione futura, quello che è certo è che a Casa Suardi è passata la storia di Bergamo. E non solo per la sua collocazione, a formare una delle formidabili «quinte» di Piazza Vecchia, tra la Biblioteca Mai e il Campanone, con davanti la Fontana dedicata al podestà Contarini. Nel tempo il palazzo, costruito nella prima parte del Trecento (si indica abitualmente il 1340) dalla famiglia Suardi, che le ha dato il nome, è stato un centro di riferimento amministrativo, giudiziario e culturale della città.
Un atto notarile indica nel 1422 il passaggio da «Zentilino Suardo» ai fratelli Avogadro che però godettero poco la loro casa, cedendone ben presto una porzione al Consorzio della Misericordia. Con l'inizio del dominio veneto, nel 1428, la Serenissima si pose il problema di degni alloggi per i suoi funzionari. Il complesso tra lo scalone che porta al Palazzo della Regione e quello che è attualmente il teatro Sociale realizzato da Pollock all'inizio dell'Ottocento divenne quindi la sede del podestà, il nobile veneziano che guidava l'amministrazione della città. Dato che il mandato canonico era di 16 mesi, molte persone si avvicendarono nel palazzo e tanti vi misero mano: per questo si possono notare sulla facciata tracce di antichi contorni di finestre con cadenza e profili diversi dalle aperture attuali.
Secondo l'uso dell'«urbs picta», Donato Bramante venne incaricato di affrescare, con ogni probabilità nel 1477, in occasione del suo primo soggiorno a Milano, il primo piano (il secondo fu alzato più tardi) con un ciclo pittorico che includeva le figure dei sette savi di Grecia antica in una sorta di «trompe l'oeil», con uno studiato illusionismo prospettico destinato a stupire chi arrivava nella piazza da via Gombito. All'epoca i locali al piano superiore servivano per l'alloggio, mentre quelli a pianterreno servivano per la Camera fiscale, per il «Giudice alla ragione» (in pratica il Tribunale civile) e per il «Giudice al Maleficio» (il Tribunale penale): c'erano inoltre alcuni locali affittati a botteghe.
Nel 1770 un incendio danneggia seriamente il palazzo, con la perdita di tanti documenti conservati negli archivi degli uffici. Segue una sistemazione che altera la struttura originaria, ulteriormente modificata dalla successiva destinazione d'uso. La Repubblica veneta infatti è agli sgoccioli. Non c'è più bisogno di un palazzo del Podestà e quando la Repubblica cisalpina decide nel 1802 di istituire un tribunale d'appello, la Municipalità di Bergamo, che avrebbe dovuto sostenerne le spese, decide il riutilizzo dell'edificio. Buona parte dello stabile già residenza del Podestà diventa quindi sede del tribunale e lo resta, fino a quando questo non viene trasferito in città bassa, nella piazza Dante nata dalla demolizione della Fiera. Gli spazi lasciati liberi vengono occupati nel 1927 dal museo di Storia Naturale, tolto dal Palazzo Nuovo (l'attuale Biblioteca Mai, allora Istituto tecnico). Proprio durante i lavori di sistemazione per insediare il museo, tornarono alla luce gli affreschi del Bramante che erano stati coperti da strati di intonaco. I frammenti vennero recuperati dal grande restauratore Mauro Pelliccioli e collocati prima sullo scalone e poi nel salone del Palazzo della Ragione.
Nel frattempo nell'ottobre 1910 il ministero dell'Istruzione pubblica notifica al proprietario Comune di Bergamo il vincolo di tutela sull'edificio. Nel novembre 1929 analogo vincolo viene notificato al proprietario della parte residua dell'allora «palazzo del Tribunale», il Banco Sant'Alessandro, che nel 1932 confluirà nella nascente Banca Provinciale Lombarda. In seguito un'altra banca, la Popolare, occupa i locali del palazzo, dove ora si trova un ristorante, prima del trasferimento, più di trent'anni fa, della filiale in via Gombito.
Negli anni Sessanta, dopo il trasferimento del museo alla Cittadella, Casa Suardi è diventata sede della Scuola superiore di Giornalismo e quindi dell'Università di Bergamo, in particolare per la Facoltà di Lingue. Negli ultimi anni per l'attività didattica sono state preferite altre sedi. Ospita ancora il Cst (Centro studi sul territorio) Lelio Pagani, istituito nel 2001 dall'Università. Ma buona parte degli spazi sono vuoti, in attesa di essere riempiti con funzioni adeguate alla storia del palazzo.